برخی از مهم ترين تفاوت های مناطق آزاد و ويژه را می توان در موارد زير خلاصه کرد: معافيت مالياتی به مدت 20 سال در مناطق آزاد وجود دارد و در مناطق ويژه اقتصادی تخفيف مالياتی طبق مقررات داخل کشور است.

خرده فروشی کالا در مناطق ويژه اقتصادی فقط برای اتباع خارجي امکان پذير است ليکن در مناطق آزاد خرده فروشی براي اتباع خارجی و داخلی امکان پذير می باشد مقررات رواديد براي اتباع خارجي در مناطق ويژه بر اساس ضوابط داخل کشور است ولی در مناطق آزاد رواديد در مرزهای ورودی اعطاء می شود مقررات کار و بيمه اجتماعی در استخدام داخل کشور است ولی در مناطق آزاد رواديد در مرزهای ورودی اعطاء می شود.

مقررات کار و بيمه اجتماعی در استخدام اتباع خارجی در مناطق آزاد تابع مقررات خاص مناطق می باشد ولی در مناطق ويژه اقتصادی تابع مقررات داخل کشور است.


ویژگی های ثبت شرکت در مناطق آزاد:
- معافيت مالياتي 20 ساله براي هر نوع فعاليت اقتصادي
- ورود اتباع خارجي بدون اخذ رويداد
- 100% مالکيت خارجي
- تضمين و حمايت قانوني از سرمايه گذاري خارجي
- عدم محدوديت در انتقال ارز به ديگر مناطق آزاد ايران با ساير کشورها
- خدمات پولي و بانکي انعطاف پذير
- خدمات گسترده بانکي و بيمه اي (دولتي / خصوصي)
- انجام معاملات ارزي آسان
- فعاليت «بورس اوراق بهادار» و «بورس نفت و محصولات پتروشيمي»
- معافيت از حقوق گمرکي براي واردات مواد اوليه و ماشين آلات صنعتي واحدهاي توليدي
- ثبت سهل و آسان شرکتها، مؤسسات صنعتي، مؤسسات فرهنگي و مالکيت معنوي
- تشريفات ساده براي صادرات مجدد و ترانزيت کالا
- مقررات آسان براي ورود کالاهاي مجاز